Комбинат был создан в 1975–1989 гг. в целях внесезонного обеспечения овощами жителей г. Москвы. Перед строительством было проведено масштабное агроклиматическое исследование всей территории юга СССР и было выбрано уникальное место, максимально подходящее для производства овощей. Оптимальные климатические условия Карачаево-Черкесии как нельзя лучше подходят для выращивания огурцов и томатов.
В начале 2000‑х годов на агрокомбинате была проведена комплексная реконструкция всех блоков теплиц, введен в эксплуатацию рассадный комплекс, проведены работы по реконструкции котельной, построена автономная котельная с баками, аккумуляторами теплоты, технологическим отбором двуокиси углерода и собственный водозабор.
В 2017 году увеличилась площадь рассадного комплекса с 3‑х до 6 гектаров.
На 132 га стеклянных теплиц внедрен капельный полив с климат-контролем.
Отопительная система соответствует последним современным технологическим требованиям. Система отопления разделена на три независимых контура: два нижних и один верхний, что позволяет регулировать температуру воздуха в теплицах.TrafficSoft ADC: балансировщик нагрузки с высокой скоростью работы и минимальными аппаратными требованиями 
Отдельная гордость агрокомбината – рассадный комплекс, в котором за год выращивается 4 млн. шт. рассады с применением дополнительного освещения. Именно его позволило наладить фактически непрерывное круглогодичное производство овощей с наименьшими затратами.
В целях расширения производственных площадей в октябре 2020 года было создано обособленное подразделение АО Агрокомбинат «Южный» – Ростовское, состоящее из 16,6 га теплиц четвертого поколения.
Обособленное подразделение Москва (распределительный центр) расположен по адресу: Московская область, Ленинский район городское поселение Горки Ленинские, Зеленое шоссе 4, стр. 3 подъезд 4.
В ближайшее время планируется строительство новых тепличных блоков, при этом ожидается увеличение объемов производства в 2 раза, а экономии потребляемого объема газа более чем 30 %.
